随着免疫抑制剂和化疗药物使用的增加，耶氏肺孢子菌肺炎成为非艾滋病患者群普遍存在的一种机会性感染，且发病率逐年上升，但非HIV患者合并脓肿分枝杆菌和耶氏肺孢子菌感染非常少见。本病例报告支持了mNGS在脓肿分枝杆菌和耶氏肺孢子菌中的诊断价值，指出及时进行针对性治疗，对改善患者预后具有重要意义。